Фамилия Таймукова образована от мужского имени Таймук, которое в свою очередь является производной формой тюркского имени Таймурза или Таймурат. Основа «тай» в тюркских языках означает «жеребёнок», а в переносном смысле — «молодой, крепкий, резвый». Вторая часть имени могла восходить к арабскому «мурза» (князь, знатный человек) или к «мурат» (желанный, намерение). Таким образом, имя Таймук могло означать «молодой князь» или «крепкий, как жеребёнок, и желанный».

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на принадлежность: Таймуков — сын Таймука. Женская форма Таймукова, соответственно, означает «дочь или жена Таймукова». Фамилия типична для тюркоязычных народов Поволжья и Урала — татар, башкир, а также для народов Кавказа, где имя Таймук встречается особенно часто. У кумыков и ногайцев это имя известно с XVII века, что подтверждается историческими записями.

В русском контексте фамилия могла появиться в результате межэтнических контактов: например, татарские мурзы, перешедшие на службу к московским князьям, нередко получали земли и записывались в дворянские родословные книги. Однако большинство носителей фамилии Таймуковы — выходцы из крестьянских и казачьих сословий, особенно в Оренбургской и Уфимской губерниях, где смешение тюркских и славянских родов было обычным делом.

Любопытная деталь: в некоторых диалектах татарского языка слово «таймук» могло быть прозвищем для человека с лёгким, подвижным характером или для того, кто быстро бегал. Так что предки Таймуковых могли получить фамилию не только по имени, но и по характерной черте — резвости или проворству. Эта версия менее документирована, но не лишена оснований, учитывая, что прозвища в тюркской среде нередко заменяли имена.

Написание фамилии устойчиво: через «а» в первом слоге, с ударением на второй слог (Тай-му-ко-ва). Варианты вроде Тоймукова или Таймукова с одним «у» встречаются редко и обычно связаны с диалектным произношением или ошибками переписи.