Фамилия Токобаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. Это фамилия женского рода, мужской вариант — Токобаев. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Токобай».

«Токобай» — это составное тюркское имя. Первая часть «токо» (или «ток») восходит к слову «ток» — в тюркских языках оно означает «сытый», «полный», «обильный» или «насыщение». Вторая часть «бай» — очень распространённый компонент в тюркской ономастике, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Токобай в буквальном смысле можно перевести как «сытый богач» или «обильный господин». Однако в контексте личных имён такие сочетания чаще были пожелательными: родители давали имя, чтобы у ребёнка была сытая и богатая жизнь, чтобы он не знал нужды.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: от личного имени Токобай через притяжательный суффикс -ев образовалась фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть «сын (или потомок) Токобая». Фамилии такого типа массово возникали у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в XIX веке, когда началась фиксация фамилий у казахов, киргизов, башкир и других тюркоязычных групп.

Географически фамилия Токобаева наиболее характерна для Кыргызстана и южных регионов Казахстана. В этих местах имя Токобай (и его варианты) встречается в документах ещё с дореволюционного времени. Важно отметить, что суффикс -ев, а не тюркский -улы/-кызы, указывает на то, что фамилия оформлялась по русскому административному образцу — при переписях или при получении паспортов.

Если искать параллели, то однокоренными будут фамилии Токов, Токин, Токтаров — у них общий корень «ток» со значением сытости и достатка. Но Токобаева стоит особняком благодаря второй части «бай», которая сразу указывает на социальный статус или пожелание богатства. В отличие от фамилий, образованных от названий профессий или внешности, эта фамилия — чисто именная, пожелательная, что роднит её с такими русскими фамилиями, как Богданов или Надеждин.