Фамилия Токылтаева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а корень «токылт» не встречается в древнерусских именах и прозвищах. Это почти наверняка указывает на тюркское происхождение, скорее всего — из казахского, башкирского или татарского языков.

Разбираем словообразовательную модель. Фамилия образована по русской патронимической схеме с суффиксом -ев, который присоединили к тюркской основе. Мужской вариант — Токылтаев, женский — Токылтаева. Основа «Токылта» (или «Токылтай») могла быть личным именем или прозвищем. В тюркских языках часты имена с компонентом «ток» — «сытый, полный, довольный» (ср. казахское «тоқ» — сытый, обеспеченный). Вторая часть «-ылта» или «-ылтай» может быть уменьшительно-ласкательным аффиксом, как в именах Айылтай, Конылтай. То есть Токылта — «сытенький», «упитанный», но в переносном смысле — «благополучный», «живущий в достатке». Такие имена давали с пожеланием безбедной жизни.

География бытования подсказывает, что фамилия встречается в основном на юге Западной Сибири, в Омской, Новосибирской областях и в Алтайском крае — регионах, где исторически соседствовали русские и тюркские народы. Носители фамилии, скорее всего, потомки крещёных татар, казахов или башкир, чьи предки получили фамилию при переходе в православие или при переписях XIX века. Сословно это могли быть государственные крестьяне или казаки, но точных данных нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие параллели — Токтаев, Токтаров, Токтыбаев. Все они восходят к тюркским корням со значением «сытость, достаток, остановка» (например, «токта» — стой, остановись). Фамилия Токылтаева стоит особняком из-за редкого аффикса -ылт-, который почти не встречается в русских фамилиях. Это и есть та уникальная деталь, по которой можно безошибочно определить её тюркские истоки.