Фамилия Тоногина — женская форма, мужская соответственно Тоногин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Тонога, которое, скорее всего, образовано от прилагательного «тонкий» и существительного «нога». Человек с таким прозвищем мог быть стройным, худощавым, с длинными или тонкими ногами. В русских говорах слово «тонконогий» использовалось как характеристика внешности, а не как оскорбление.

Модель образования простая: основа Тоног- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Тоногин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где -ин был основным патронимическим суффиксом. Встречается и вариант Тоногина — с ударением на второй слог, что характерно для некоторых регионов, например, Вологодчины или Костромской области.

Сложность в том, что фамилия редкая, и её носители могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми. В переписных книгах XVII–XVIII веков прозвища по внешности фиксировали именно за простыми сословиями — дворяне редко получали такие «говорящие» фамилии. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Тонконогов, Тонконожкин — встречаются чаще и имеют ту же семантику.

Географически Тоногины, по данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, чаще всего встречаются в Нижегородской области и в Поволжье. Это может указывать на локальное распространение прозвища в среде переселенцев или староверов, которые сохраняли архаичные формы именования. Спорных версий у фамилии нет: корень прозрачен, суффикс типичен, а альтернативные толкования (например, от тюркского «тон» — шуба) натянуты и не подкреплены диалектными записями.