Фамилия Тонушкин образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Тонушкин буквально означает «сын или потомок Тонушки». Основа здесь — уменьшительная или обиходная форма личного имени или прозвища Тоня.

Тоня в русской традиции — это сокращение от нескольких имён. Чаще всего от Антон (каноническая форма Антоний) или от Арсений, реже — от Анатолия или Тихона. В народной среде Тоней могли называть и человека с мягким, «тонким» характером, но это вторичное, народно-этимологическое сближение. Прямой связи с прилагательным «тонкий» в основе фамилии нет: суффикс -ушк- (Тон-ушк-а) как раз образует ласкательные, домашние формы имён (Ванюшка, Петрушка, Тонюшка).

Интересная деталь: фамилия Тонушкин — относительно редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов и купеческих династий. По данным переписей XIX — начала XX века, её носители сосредоточены в центральных и северных губерниях России: Владимирской, Костромской, Вятской. Это говорит о крестьянском или мещанском происхождении. Предки Тонушкиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а фамилию получили при освобождении от крепостной зависимости в 1861 году или чуть позже, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца.

В ономастике фамилия Тонушкин примечательна тем, что её основа не застыла в виде полного канонического имени (Антонов или Арсеньев), а сохранила живую, уменьшительную форму, которая в быту была распространена, но в официальные документы попадала реже. Это делает её «разговорной» по происхождению — такой, как если бы человека записали не по святцам, а по тому, как его звали в семье.