Фамилия Топотушкин — редкий случай, когда прозвище почти не зашифровано. Она буквально «говорит»: её основа — глагол «топотать», то есть топать, стучать ногами при ходьбе или беге. В русских говорах слово «топотушка» могло означать и самого топочущего человека, и некий предмет, издающий топот — например, детскую игрушку-погремушку. Но в фамилии, скорее всего, закрепилось прозвище: Топотушка — человек с тяжёлой, громкой походкой, либо непоседа, который постоянно бегает и топает.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия построена по схеме «основа + суффикс -ушк- + суффикс -ин». Суффикс -ушк- в русских прозвищах и фамилиях встречается нечасто и обычно придаёт уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок (сравните: Вертолёт — Вертолётушка, Говорун — Говорушка). А конечный -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Топотушкин, то есть сын или потомок Топотушки. Фамилия образована не от имени, а от прозвища, что типично для крестьянской среды: прозвище давали по поведению, внешности или привычке.

В ономастических справочниках фамилия Топотушкин не относится к числу распространённых. Она отсутствует в классических работах Б. Унбегауна и В. Никонова — скорее всего, из-за своей локальности. Географически она могла закрепиться в северных или центральных губерниях России, где диалектное слово «топотушка» бытовало в значении «непоседа» или «топотун». Встречаются и однокоренные фамилии — Топотунов, Топотун, Топотушка, но Топотушкин стоит особняком из-за редкого суффикса.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с топонимом Топотушки (гипотетическая деревня), но таких названий в русской географической номенклатуре не зафиксировано. Версия с утраченным некалендарным именем Топотушка тоже слаба: такие имена не встречаются в источниках. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — прозвище по поведению, которое со временем стало фамилией.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская. В дворянской среде прозвища с такой бытовой, почти комической основой не приживались. Носители фамилии Топотушкин — потомки того самого человека, которого в деревне прозвали за шумную походку или непоседливость.