Фамилия Топшиноева — редкий пример, где сразу бросается в глаза необычный суффикс и основа. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский род (мужской вариант — Топшиноев), то перед нами конструкция «Топшин- + -оев». Суффикс -оев — это фонетический вариант -ев, который добавляли к основам, оканчивающимся на -й или на мягкий согласный. Но здесь он стоит после -ин-, что нетипично для русской модели: обычно отыменные фамилии образуются либо по схеме «имя + -ов» (Иван — Иванов), либо «имя + -ин» (Фома — Фомин). Двойной суффикс «-ин-оев» встречается в фамилиях тюркского или кавказского происхождения, где -ин мог быть частью исходного имени или прозвища, а -оев — уже русским патронимическим оформлением.

Скорее всего, основа Топшин- восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. В тюркских языках есть корень «топ» — «мяч», «шар», «куча», а также глагольная основа «топши-» со значением «передавать», «вручать». Слово «топши» в некоторых диалектах означает «счетовод», «казначей» или «тот, кто принимает и выдает товар». Таким образом, Топшиноев — это русифицированная фамилия от прозвища Топши, которое мог получить либо человек круглой, полной фигуры (от «топ» — шар), либо, что вероятнее, служитель при складе, учетчик или сборщик податей. В пользу «деловой» версии говорит то, что в фамилиях на -оев часто закреплялись именно социальные или профессиональные прозвища.

Географически фамилия Топшиноева встречается в основном среди народов Северного Кавказа и Поволжья, особенно у чеченцев и ингушей, где распространены фамилии с конечным -ев, -оев. В русских переписных книгах она не фиксируется, что подтверждает её позднее вхождение в русский ономастикон через паспортную систему XIX–XX веков. В отличие от более частых фамилий на -ов, здесь сохранилась тюркская основа, которую не переделали под стандартный русский шаблон — это указывает на относительно недавнюю фиксацию фамилии в документах.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно вспомнить разве что Топшина — но это уже другая модель, без суффикса -оев, и встречается она реже. Спорных версий происхождения здесь немного: если отбросить явно натянутую связь с русским словом «топь» (болото), остаётся только тюркский след. Он и выглядит убедительнее — как по структуре, так и по ареалу бытования.