Фамилия Трахайтесь — редкий случай, когда в основе лежит форма повелительного наклонения глагола. В русской ономастике такие фамилии встречаются, но обычно они образованы от глаголов в повелительном наклонении, которые стали прозвищами: например, фамилии Держи, Жги, Бей. Однако здесь форма множественного числа («трахайтесь») указывает либо на обращение к группе лиц, либо на особый контекст, в котором прозвище закрепилось.

Слово «трахать» в русских говорах имело несколько значений, не связанных с современным просторечным смыслом. В диалектах оно означало «колотить, стучать, бить», а также «трясти, взбалтывать». Прозвище Трахай или Трахайтесь могли дать человеку с резкими, порывистыми движениями, либо тому, кто работал с чем-то шумным — например, молотобойцу или плотнику. В некоторых областях «трахать» значило «чесать лён» или «трепать шерсть», так что прозвище могло относиться к ремесленнику, занимавшемуся обработкой волокна.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа глагольной формы + суффикс -сь (который здесь является частью возвратного постфикса, а не фамильного суффикса). В русской традиции фамилии на -йтесь почти не встречаются: это нетипичный случай, когда прозвище в повелительном наклонении застыло целиком, без добавления -ов, -ин или других типичных суффиксов. Возможно, фамилия возникла в среде, где прозвища записывались буквально, без приведения к стандартной форме, или же это позднее переосмысление более старой фамилии, искажённой при переписи.

Географически фамилия крайне редкая. Скорее всего, она бытовала в одной из северных или центральных губерний, где диалектные значения слова «трахать» были активны. В современном русском языке фамилия звучит неоднозначно из-за омонимии с обсценной лексикой, но её исходный смысл — чисто бытовой или ремесленный, без какого-либо неприличного подтекста.