Фамилия Трахоненкова — женская форма фамилии Трахоненков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Трахон, которое, скорее всего, связано с глаголом «трахать» в его старом, диалектном значении «стучать, колотить, бить». В русских говорах слово «трахнуть» означало ударить с грохотом, произвести шум. Соответственно, Трахоном могли прозвать шумного, суетливого человека, того, кто «трахает дверями» или работает с грохотом — например, кузнеца, плотника или мельника. Это не бранное прозвище, а бытовое, описательное, каких много в крестьянской среде.

Суффикс -енков (в женском варианте -енкова) типичен для фамилий южнорусского и украинского происхождения. Модель «основа + -енко» означает «сын такого-то» или «маленький, младший». В русском языке она закрепилась в формах на -енков, -енков, особенно в бывших чернозёмных губерниях (Курская, Орловская, Воронежская). Трахоненков — это буквально «сын Трахона». Такие фамилии часто возникали в среде казачества и однодворцев, где ценилась личная характеристика человека.

В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые могли указывать на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), форма на -енков подчёркивала потомственную связь, но не обязательно через прямую линию. Она могла закрепиться за целым родом: Трахоненковы — это «люди из рода Трахона». Поэтому искать единого известного предка с таким именем не стоит: прозвище давали одному человеку, а фамилия уже переходила на всех его потомков.

Иногда фамилии на -енков путают с украинскими на -енко, но в русской среде их русифицировали, добавив окончание -ов. Трахоненков — именно такой случай: исходная украинская форма Трахоненко под влиянием русской фамильной нормы получила дополнительный суффикс. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли жить на границе русских и украинских земель, в зоне активного смешения диалектов.

Встречается фамилия редко, что неудивительно: прозвище Трахон не было распространённым церковным именем. Оно бытовало в узких говорах, и в письменных источниках почти не сохранилось. Поэтому точную географию бытования установить сложно, но по модели образования её можно уверенно отнести к южному или юго-восточному региону России.