Фамилия Трахудинов — редкий случай, когда основа явно тюркская или арабо-тюркская, а суффикс — русский. Если отбросить типовое окончание -ов, указывающее на принадлежность («чей?»), остаётся корень Трахудин. В нём угадывается личное имя Трахудин, которое восходит к арабскому Тарху́н или Тарху́ддин — сложению «тарх» (оставление, прощение) и «дин» (вера). Полное значение — «оставленный верой» или, точнее, «тот, кто оставил веру». В исламской ономастике такие имена давали как охранительные: считалось, что имя с «негативным» смыслом оттолкнёт злых духов или сглаз. Со временем начальное «т» могло перейти в «тр» под влиянием русской фонетики, а «х» осталось как след арабского гортанного произношения.

Вторая версия — чисто тюркская. В языках Поволжья и Кавказа есть основа «трах» или «тарах», означающая шум, грохот, суету. Тогда Трахудинов — сын Трахуда, а Трахуд — прозвище шумного, беспокойного человека. Это правдоподобно, но менее вероятно: прозвища на -уд редки, а арабское имя с охранительным смыслом встречается в татарских и башкирских родословных.

Географически фамилия тяготеет к югу России: встречается у татар, башкир, отчасти у народов Дагестана. В дореволюционных метриках Трахудиновы записаны как государственные крестьяне и мещане — сословия, где фамилии часто закреплялись по отцу, без дворянского суффикса -ский. Суффикс -ин в данном случае не показатель матронима: это просто вариант того же -ов после основ на твёрдый согласный.

Словообразовательная модель проста: личное или прозвищное имя Трахудин + -ов. Никаких редких суффиксов, зато редок сам корень. Фамилия не получила широкого распространения — носителей в современных базах данных единицы. Это типичная «фамилия одного села», где родоначальника знали под именем Трахудин, а его потомков стали звать Трахудиновыми.