Фамилия Трехгубенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XIX веках была характерна для Поднепровья, Слобожанщины и юга России. Суффикс -енко в переводе с украинского означает «маленький» или «сын»: Трехгубенко — буквально «сын Трехгуба» или «потомок того, кого прозвали Трехгуб».

В основе фамилии лежит прозвище Трехгуб, которое складывается из двух частей: числительного «трех» (три) и слова «губа». В русских и украинских говорах слово «губа» имело не только прямое значение (часть рта), но и переносные — «край», «выступ», «кромка». Однако в прозвищах, образованных по схеме «числительное + часть тела», речь чаще шла о внешности. Трехгуб — это человек с заметной особенностью губ: например, с верхней губой, которая казалась раздвоенной или имела необычную форму, или с такой, что при улыбке или в покое напоминала три линии. В народной ономастике подобные прозвища (Трехглаз, Трехрук, Кривогуб) были не оскорблениями, а меткими бытовыми описаниями, которые закреплялись за человеком, чтобы отличать его от других в деревне.

Важно отметить, что в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко в XVIII–XIX веках уже не были строго отчествами: их давали детям по прозвищу отца, а затем передавали по наследству, превращая в родовое имя. Трехгубенко — не исключение: предок, носивший прозвище Трехгуб, передал его потомкам, и со временем фамилия закрепилась за целым родом.

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам: она встречается в реестрах казацких полков Гетманщины, а также среди переселенцев на Кубань и в Ставрополье. В метрических книгах XIX века Трехгубенко чаще всего записаны как государственные крестьяне или казаки — люди, чья жизнь была связана с землей и военной службой. Редкость фамилии (по современным данным, в России её носят не более нескольких сотен человек) говорит о том, что род не разрастался массово и сохранил локальные корни.

Если рассматривать альтернативную версию — что прозвище связано не с внешностью, а с ремеслом (например, «губа» могла означать часть инструмента или деталь в плотницком деле), — она менее убедительна. В народной речи «трехгубый» не зафиксирован как термин какого-либо промысла, тогда как описательные прозвища по чертам лица — один из самых распространённых типов в восточнославянской антропонимии. Так что наиболее вероятно: Трехгубенко — это потомок человека с приметной губой, чья внешность дала начало целой фамильной линии.