Фамилия Трехперстов — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание своей необычностью. Она принадлежит к группе русских фамилий, образованных от прозвища, данного по внешнему признаку. В основе лежит сочетание «три» и «перст» (палец). Прозвище Трехперстый могли дать человеку, у которого на руке было три пальца — либо в результате травмы, либо из-за врожденной особенности. В среде, где физическая работа была главным занятием, такой дефект сразу бросался в глаза и становился устойчивым именованием.

Модель образования фамилии — через суффикс -ов, что типично для русских фамилий, возникших от прозвищ, оканчивающихся на -ый. Форма Трехперстов буквально означает «сын Трехперстого» или «из семьи Трехперстых». Важно, что в отличие от фамилий вроде Трехпалов, где основа «пал» (палец) звучит по-простонародному, «перст» — слово книжное, церковнославянское. Это может указывать на то, что прозвище давал не крестьянин соседу, а, возможно, грамотный человек, или же оно бытовало в среде, близкой к церкви. Впрочем, в прозвищах «перст» и «палец» в народе могли употребляться как равнозначные.

Географически фамилия Трехперстов встречается нечасто, но заметна в старообрядческой среде. Староверы, известные двуперстным крестным знамением, могли в шутку или всерьёз называть «трехперстым» того, кто перешел в никонианство (крестившегося тремя перстами). Однако эта версия менее вероятна, чем бытовая: маловероятно, чтобы прозвище по религиозному признаку закрепилось как фамилия в условиях гонений. Скорее всего, речь о физической особенности.

Сравните с однокоренными фамилиями: Трехпалов, Трехпалый, Трехперстный. Все они редки и указывают на одну и ту же основу, но разное суффиксальное оформление. Фамилия Трехперстов звучит более архаично и «книжно», что делает её особенно интересной для исследователя русской антропонимии.