Фамилия Трохоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной Украине. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», превращал личное имя или прозвище в родовое имя: Трохоненко буквально значит «сын Трохона».

В основе фамилии лежит имя Трохон — народная, разговорная форма канонического имени Трофим. Трофим (от греческого «трофимос» — кормилец, питомец) в украинской среде давал множество производных: Трохим, Трохон, Трох, Трохименко, Трохоненко. Суффикс -он в украинских именах часто выполнял ласкательную или уменьшительную роль, поэтому Трохон — это «маленький Трофим» или «Трофимушка». Со временем прозвище отца закрепилось за детьми и внуками, утратив уменьшительный оттенок.

Географически фамилия Трохоненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также к южным регионам России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Встречаются варианты написания: Трахоненко, Троханенко — они связаны с местными говорами, где неударное «о» переходило в «а».

Интересная деталь: в отличие от фамилий с прозрачным ремесленным или географическим корнем (Кузнецов, Горский), Трохоненко — чисто патронимическая фамилия, то есть образованная от имени предка. Это значит, что первый носитель фамилии не владел каким-то особым ремеслом и не жил у заметного ориентира — его просто называли по отцу, что типично для сельской общины, где личные имена и прозвища были основным способом идентификации.

В ономастических справочниках (в частности, у Б. Унбегауна) модель на -енко описывается как характерная для украинской антропонимии, но конкретная фамилия Трохоненко не входит в число самых частых — это скорее редкий, локальный вариант, сохранившийся в нескольких ветвях рода.