Фамилия Трупапунько — яркий пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (как русское -ович). Однако основа здесь необычна и вызывает вопросы.

Корень фамилии — Трупапунь- — скорее всего, сложный. Скорее всего, он состоит из двух частей: «труп» и «папунь». Первая часть, «труп», в славянских языках имеет прямое значение «мёртвое тело». Вторая часть, «папунь», — это уменьшительно-ласкательная форма от «папа» (отец), характерная для украинских и южнорусских говоров. Сочетание этих слов даёт прозвище, которое звучит как «мёртвый папочка» или «покойный батюшка». Такое прозвище могло закрепиться за человеком в ироничном или трагическом контексте: например, за сыном, чей отец умер рано, или за человеком, который чем-то напоминал покойного родителя (внешностью, поведением). Возможно, прозвище возникло как горькая шутка в крестьянской среде, где детская смертность и ранние вдовства были обычным делом.

Менее вероятная, но допустимая версия — искажение другого, более благозвучного прозвища при переписи или в устной речи. Например, «Трубапунько» (от «труба» и «папунь» — «папина труба», возможно, прозвище кузнеца или музыканта) могло со временем упроститься до «Трупапунько». Однако письменных фиксаций такого варианта нет, и лингвистически переход «б» в «п» (оглушение) в позиции перед глухим согласным — явление обычное, но в данном случае оно меняет всё значение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), где суффикс -енко особенно распространён. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода, получившего такое прозвище в небольшом селе.

Сословно носители фамилии почти наверняка относились к казачеству или крестьянству. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев с Украины.