Фамилия Цафракиди — одна из тех, что сразу выдают греческие корни. Её окончание -иди (в русской передаче часто -иди или -идис) — классический патронимический суффикс, распространённый в понтийских и малоазийских греческих фамилиях. Он означает «сын» или «потомок», то есть Цафракиди — «сын Цафракаса» (или «из рода Цафрака»). Если бы фамилия осталась в Греции, она звучала бы как Цафракидис, но в русском языке окончание часто упростили, отбросив сигму.

Основа фамилии — прозвище или личное имя Цафракас. Здесь возможны два объяснения, и оба уходят корнями в греческую лексику. Первое: от слова «цафра» (τσάφρα) — так в некоторых диалектах называли сажу, копоть или грязь. Прозвище Цафракас могли дать человеку с тёмной кожей, чумазому либо работавшему с углём или в кузнице. Второе, не менее правдоподобное: «цафра» — это искажённое турецкое «çapra» (путаница, неразбериха). В таком случае прозвище могло означать суетливого, беспокойного человека или того, кто вечно создаёт неразбериху.

Фамилия Цафракиди — почти наверняка понтийская. После обмена населением между Грецией и Турцией в 1923 году многие понтийские греки, носители таких фамилий, оказались в Греции, а часть эмигрировала в Российскую империю и СССР. В России и странах бывшего Союза фамилия встречается редко, но стабильно — её можно найти среди греков Приазовья, Краснодарского края и в крупных городах.

Интересная деталь: в отличие от славянских фамилий на -ов/-ев, которые массово закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, греческие фамилии на -иди часто сохраняли форму прозвища без изменений. Цафракиди не «обрусела», не получила суффикса -ов, а осталась в исходном виде — это маркер относительно позднего появления в русской среде и компактного проживания носителей в греческих общинах. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка был понтийским греком, возможно, переселенцем из Малой Азии или Крыма.