Фамилия Цапонина — яркий пример того, как прозвище, связанное с внешностью или характером, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «цапля» — птица с длинными ногами и клювом. В русских говорах «цапля» имела и переносные значения: так могли называть высокого, худощавого человека, либо того, кто ходит, высоко поднимая ноги, или, наоборот, сутулится, «цапается» за землю. Не исключено, что прозвище «Цапоня» (уменьшительно-ласкательная форма от «цапля») дали человеку с длинным носом или острыми чертами лица.

Словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Цапонин — сын или потомок Цапони. Окончание -а в исходной форме (Цапонина) — это женский вариант фамилии, образованный по той же модели, что и у множества русских фамилий на -ин. Сама основа «Цапоня» — редкая, она встречается в основном в архангельских и вологодских говорах, что позволяет предположить северное происхождение фамилии.

В отличие от распространённых фамилий типа Цаплин или Цаплинский, форма Цапонина сохранила более архаичный, «деревенский» суффикс. Это говорит о том, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище в быту, а не в официальной среде. Фамилия не относится к дворянским или духовным, а её редкость (встречается в основном в Вологодской и Кировской областях) указывает на локальное бытование прозвища.

Таким образом, Цапонина — фамилия, которая прямо описывает внешний облик или походку предка. Её можно было бы назвать «говорящей»: она рисует образ высокого, долговязого человека, которого в деревне прозвали Цапоней — по сходству с птицей.