Фамилия Цидотова — редкий случай, когда географический след почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Основной корень «Цидот-» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах, ни в списках ремёсел. Самое правдоподобное объяснение — топонимическое: фамилия образована от названия населённого пункта Цидота или Цидоты. Такие названия могли существовать в регионах, где смешивались славянские и финно-угорские языки — например, на северо-западе России или в Поволжье. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?»), то есть Цидотов — человек из Цидоты.

Менее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «цидота» — так в некоторых говорах называли нечто мелкое, незначительное или, наоборот, придирчивого человека. Но для этого нет надёжных лексикографических подтверждений, а фамилия слишком редка, чтобы полагаться на случайные совпадения. Если бы корень был прозвищным, мы бы ожидали более широкого распространения в соседних областях, но Цидотовы — точечная фамилия.

Форма Цидотова — женский вариант от мужской Цидотов. Такое окончание типично для русских фамилий, закрепившихся в XIX веке. По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: редкие топонимические фамилии носили и крестьяне, и мещане, и духовенство. Единственное, что можно утверждать с высокой вероятностью: предок носителя фамилии жил или родился в месте с названием, похожим на Цидота, и при переезде получил прозвание по этому месту.