Фамилия Цилэнко — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а, скорее всего, украинское или белорусское слово. Если отбросить типичный восточнославянский суффикс -енко (указывающий на происхождение по отцу: «чей?» — «Цилэнков сын»), остаётся корень «цiл-». В украинском языке «цiлий» означает «целый, невредимый, полный». Прозвище Цiлий могли дать либо человеку крепкого, здорового телосложения, либо, по ироничной народной логике, тому, кого постоянно задевали и обижали — то есть «нецелому» в переносном смысле.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, где фамилии на -енко особенно плотны. В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты написания: Циленко, Цилленко, а также с буквой «и» в первом слоге — Цилэнко. Двойное «л» могло появиться под влиянием польского языка, где «cały» — «целый», но в польской ономастике такой суффикс нехарактерен, поэтому версия с украинским корнем выглядит убедительнее.

Второй, менее вероятный путь — от личного имени. В южнославянских языках существует имя Циле (уменьшительное от Цветко или Цветан), но для украинской фамильной модели это нетипично. Также не стоит путать с фамилией Циленко, которая может восходить к диалектному «циля» — так в некоторых говорах называли телёнка или козлёнка. Однако форма именно «Цилэнко» с твёрдым «э» указывает на сознательное сохранение произношения, близкого к украинскому «цiлий».

Социальный контекст прост: носитель фамилии — потомок человека, которого в сельской общине прозвали за цельность характера, физическую крепость или, наоборот, за неспособность постоять за себя. В любом случае, перед нами не дворянская фамилия, а крестьянская или казацкая, что типично для суффикса -енко.