Фамилия Ципотей — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд её основа напоминает южнославянские или румынские фамилии на -ей, но при ближайшем рассмотрении корень оказывается совсем иным. Скорее всего, это украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища с помощью суффикса -ей, который в этих языках часто давал фамилии с оттенком принадлежности или характеристики (сравните: Довгей, Сухей, Бондарчук). Основа «Ципот-» могла возникнуть от диалектного глагола «ципотать» — в некоторых говорах так называли цоканье, прищёлкивание или невнятную, быструю речь. Человек с таким прозвищем мог быть говорливым, суетливым или иметь характерную манеру разговора.

Менее вероятна, но возможна версия, что в основе лежит польское или украинское слово «ципота» — так в некоторых регионах называли мелкую монету или что-то маленькое, незначительное. Тогда прозвище Ципотей могло получить человек низкого роста или тот, кого считали несерьёзным. Суффикс -ей в этом случае работает как показатель прозвища, а не патронима: фамилия закрепилась в той форме, в которой прозвище бытовало в быту.

Географически фамилия Ципотей встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Ровенская, Житомирская области), а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия либо возникла поздно, либо бытовала в среде малограмотных крестьян, чьи фамилии записывали на слух, и варианты написания могли быть разными: Ципотей, Ципотий, Ципоть.

Социальный контекст: носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами, без дворянских корней. Фамилия не имеет очевидных параллелей в русском боярском или служилом сословии. Единственное, что роднит её с другими — это модель образования через суффикс -ей, который в украинской ономастике дал много фамилий от прозвищ, и эта фамилия — один из таких случаев, когда прозвище сохранилось почти без изменений.