Фамилия Ципыла — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения. Самая вероятная версия отсылает к слову «цыпа» — в южнорусских и украинских говорах так называли цыплёнка, а в переносном смысле — миниатюрного, хрупкого человека или того, кто суетится, «цыпится» (беспокойно двигается). Суффикс -ыл- здесь необычен: в русском языке по такой модели образуются прилагательные со значением обладания признаком (например, «копыл» — от «копать»), но в фамилиях он встречается редко. Это даёт основание предполагать, что прозвище Цыпыла закрепилось как семейное имя где-то на стыке великорусских и малороссийских диалектов, возможно, в Курской или Воронежской губерниях.

Словообразовательная конструкция фамилии — без патронимического суффикса (-ов, -ин и т.д.), что нетипично для русской модели. Обычно так оформляются фамилии украинского или белорусского происхождения, где прозвище могло перейти в фамилию напрямую, без добавления родового окончания. Если бы фамилия писалась как «Цыпылов» или «Цыпылин», она бы указывала на сына Цыпылы — здесь же мы видим застывшую форму самого прозвища. Это говорит о том, что первый носитель, скорее всего, был человеком невысокого роста или с живым, подвижным характером, и его так и прозвали в своей общине.

Встречается также версия, связывающая фамилию с диалектным «ципыль» — так в некоторых областях называли заусенец или щепку, что могло относиться к мастеру, работавшему с деревом, но это менее распространённое толкование. Вариант написания через «и» (Ципыла вместо Цыпыла) — результат поздней орфографической унификации, когда после «ц» в русском языке стали писать «и» независимо от произношения.

География фамилии узкая: основные следы ведут в южные регионы России и восточную Украину. В дореволюционных метриках она почти не встречается, что подтверждает её локальный, крестьянский характер. Носители фамилии, если судить по современным данным, живут в основном в Ростовской области и Краснодарском крае — то есть в зоне смешения русских и украинских говоров, где и могло возникнуть такое прозвище.