Фамилия Цирсеник — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет искусственное, семинарское происхождение, что сразу выделяет её из ряда обычных русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий.

В основе лежит латинское слово circus — «цирк» или «круг». В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков существовала традиция давать учащимся «благозвучные» фамилии, часто на латинской или греческой основе. Так появлялись Розовы (от rosa — роза), Сперанские (от sperare — надеяться) и — Цирсеник. Суффикс -ик в данном случае типичен для западнорусских (украинских, белорусских) и польских фамилий, но в семинарской среде он мог быть добавлен для придания фамилии «учёного», польско-латинского звучания. Таким образом, Цирсеник — это «циркач», но не в современном значении артиста, а скорее как намёк на латинскую учёность или, возможно, на круг (циркуль) как символ геометрии и точных наук.

Есть и другая, менее вероятная версия. Фамилия могла возникнуть как прозвище от диалектного слова «цирс» или «цирса» — в некоторых говорах так называли циркуль или какой-то круглый предмет. Тогда Цирсеник — это мастер, который работал с циркулем (чертёжник, геометр) или же просто человек с круглым лицом. Однако против этой версии говорит редкость самого слова и отсутствие устойчивой прозвищной традиции.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, Польше. Встречается она крайне редко, что подтверждает её книжное, а не народное происхождение. Сословно предки Цирсеников, скорее всего, были выходцами из духовенства — либо сами семинаристы, получившие эту фамилию при поступлении, либо их потомки, перешедшие в другие сословия. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичным примером «кабинетной» фамилии, созданной по воле преподавателя латыни.