Фамилия Цискоед — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки. Перед нами сложное слово, образованное по модели «глагольная основа + существительное»: «циск» (скорее всего, диалектный вариант слова «циск» — писк, визг, или же «цыск» — звук, издаваемый при чмоканье) и «ед» (тот, кто ест). Прямое значение — «тот, кто ест циск», то есть человек, который издаёт характерные звуки во время еды, чвакает или причмокивает. В народной среде такое прозвище давали либо неряхе за столом, либо, напротив, человеку с заметной, бросающейся в слух манерой поглощать пищу.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянских прозвищных фамилий: основа «Цискоед-» + нулевой суффикс. Фактически фамилия совпадает с самим прозвищем, без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в устной речи как «прозвищное имя» и позже перейти в официальный документ без изменений. Подобные фамилии (Козодой, Грызоед, Щелкун) встречаются реже, чем патронимические, и часто указывают на более позднюю фиксацию или на происхождение из среды, где прозвище было особенно метким.

Ареал бытования фамилии Цискоед, судя по имеющимся данным, крайне узок. Она встречается в основном на юге России и в украинских землях, где диалектная форма «циск» более употребительна. В центральных и северных регионах России она практически не фиксируется. Это даёт основание предполагать, что предки носителей фамилии происходили из казачьих или крестьянских семей южных губерний, где прозвища, основанные на наблюдаемых привычках, были особенно живучи.

Версия о связи с профессиональной деятельностью (например, с изготовлением или поеданием некоего блюда «циск») маловероятна: ни в одном известном кулинарном или ремесленном словаре такого термина нет. Гипотеза о происхождении от тюркского или иного иноязычного корня также не находит подтверждения — слово «циск» имеет прозрачную славянскую звукоподражательную природу. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — бытовое прозвище, данное за особенность поведения, которое со временем стало наследственной фамилией.