Фамилия Циснецкий — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Основа здесь — топоним, а не прозвище или имя. Суффикс -цк- (в форме -ецк-) типичен для польских и западнорусских фамилий, образованных от названий мест. Если отбросить окончание -ий, получим корень «Циснец-», который прямо указывает на населённый пункт Циснец (польск. Cisiec) или производные от него. В Польше есть несколько сёл с таким названием, например, Циснец в Силезском воеводстве. Название села, в свою очередь, восходит к слову «cis» — тис (дерево). То есть «Циснец» — это место, где рос тис, тисовая роща. Соответственно, Циснецкий — это тот, кто родом из Циснеца, либо помещик, владевший землёй в той местности.

Модель образования типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой. Суффикс -ский (-цкий) в польской традиции часто маркировал принадлежность к дворянскому сословию или владение землёй. Однако носителями фамилии могли стать и крестьяне, переселившиеся из этого села в другую местность: в России, Белоруссии или на Украине такую фамилию давали при переписи по месту прежнего жительства. Второй, менее вероятный вариант — что основа связана с личным именем Цислав или его краткой формой Цись, но тогда фамилия скорее звучала бы как Циславский. Учитывая редкую огласовку «Циснецкий», версия с деревней Циснец выглядит самой прямой и логичной.

На письме фамилия встречается в двух вариантах: Циснецкий и Циснецкая. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Цисне́цкий. В дореволюционных документах могла писаться через «и» десятеричное или с окончанием -ой в мужском роде. В современной России фамилия остаётся малочисленной и встречается в основном в западных областях, что косвенно подтверждает её польско-белорусское происхождение. Никаких спорных альтернативных этимологий, вроде связи с «цистерной» или «цитрусом», ономастика не предлагает — корень прозрачен и устойчив.