Фамилия Цижонова — женская форма, исходная мужская — Цижонов. Это редкая русская фамилия, и её разбор требует осторожности: бросается в глаза нестандартный суффикс -онов. В русских фамилиях чаще встречается -ов или -ев (Иванов, Петров), а -онов — более редкая модель, которая обычно указывает на основу, оканчивающуюся на твёрдый согласный, но с историческим чередованием или влиянием диалектного произношения.

Корень фамилии — Цижон. Что он мог означать? Самая вероятная версия — прозвище от диалектного слова «циж» или «цыж». В южнорусских и украинских говорах «циж» — это чиж, птица семейства вьюрковых. Прозвище Цижон мог получить человек маленького роста, юркий или с жёлтым оттенком волос (как оперение чижа). Суффикс -он в прозвище — уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность (сын или потомок Цижа). То есть Цижон — это «маленький Циж» или «сын Цижа». Затем к основе Цижон добавили типичный фамильный суффикс -ов, получив Цижонов.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем. В старых святцах или в крестьянском быту могли использовать сокращённую форму от редкого канонического имени (например, Сисиний или Косьма) через диалектное переосмысление. Однако доказательств этому нет, и версия с птицей выглядит естественнее, поскольку прозвища от названий птиц — один из самых распространённых источников русских фамилий (Соколов, Воробьёв, Чижов).

Географически фамилия Цижонов тяготеет к регионам, где встречается говор с «цоканьем» (смешение звуков «ц» и «ч») — это юг России, Поволжье, частично Белгородская и Воронежская области. Если бы основа была от слова «чиж», в литературном русском языке фамилия звучала бы как Чижонов, но диалектное «ц» дало вариант Цижонов. Это косвенно подтверждает народное, а не книжное происхождение фамилии.

О сословной принадлежности носителей судить сложно из-за редкости фамилии. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках, когда прозвища массово закреплялись в качестве наследственных. В дворянских родословных книгах Цижоновы не фигурируют, что тоже говорит в пользу «низового» происхождения. Сегодня фамилия встречается единично, в основном в России и странах бывшего СССР, но точной статистики по ней нет.