Фамилия Цмакнова — женская форма от Цмакнов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Цмак. В русском языке суффикс -ов- типичен для фамилий, указывающих на принадлежность («чей сын?»), но здесь мы имеем дело с редкой основой.

Корень «цмак» не встречается в современных словарях русского литературного языка. Скорее всего, он происходит из диалектного или иноязычного источника. Самая вероятная версия — связь с глаголом «цмакать» или «чмакать», который в южнорусских и украинских говорах означает «чмокать», «причмокивать», иногда — «целовать». Прозвище Цмак могли дать человеку с привычкой громко причмокивать во время еды или разговора, либо, в переносном смысле, слащавому, льстивому человеку.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от тюркского корня. В тюркских языках есть звукоподражательное «цмак» (удар, щелчок), которое могло лечь в основу прозвища для быстрого, резкого в движениях человека. Однако в случае с фамилией на -ов географическая привязка к зонам активных русско-тюркских контактов (Поволжье, юг России) необязательна: прозвище могло возникнуть и в чисто русской среде.

Фамилия крайне редкая. Её носители, судя по модели образования, скорее всего, выходцы из крестьянской или мещанской среды центральной России или черноземья, где диалектная форма «цмакать» была в ходу. В дворянских родах такая основа не фиксируется. Написание с буквой «ц» в начале — дополнительный маркер диалектного или иноязычного происхождения, так как в литературном языке более привычным было бы «ч» (Чмак, Чмакнов).