Фамилия Цухникиди — редкий пример греческого наследия в русском ономастиконе. Её строение сразу выдаёт иностранное происхождение: суффикс -иди (в русской передаче часто -иди, -идис) — типичный патронимический показатель в понтийских и малоазийских греческих фамилиях. Он означает «сын» или «потомок», аналогично русскому -ович или грузинскому -дзе. Таким образом, Цухникиди — «сын Цухникаса» или «из рода Цухника».

Основа фамилии — Цухник (греч. Τσούχνικ) — скорее всего, прозвище или профессиональное имя. Наиболее вероятная версия отсылает к греческому слову τσούχνος (цухнос) — «сажа», «копоть» или «дым». Тогда Цухник — это человек, связанный с сажей: трубочист, кузнец, угольщик или тот, кто работал у печи. В среде понтийских греков, занимавшихся ремеслом и торговлей, такие прозвища по роду занятий были обычны. Менее правдоподобна связь с турецким çuhn (сукно) — для этого нет устойчивой фонетической параллели.

Фамилия бытует в основном на юге России и в Краснодарском крае, куда греки переселялись из Османской империи в XIX — начале XX века. Встречается также в Грузии и на Украине. В отличие от фамилий на -ов или -ин, Цухникиди не прошла этап русификации окончания, что говорит о позднем и компактном заселении носителей. В советских паспортах форму закрепили без греческого окончания -с (Цухникидис), так что сегодняшний вариант — результат бюрократической адаптации.

Социальный состав предков — скорее всего, городские ремесленники или крестьяне-ремесленники. Дворянских корней у фамилии нет: греческие фамилии на -иди в массе своей неаристократические, а указывают на родовую принадлежность к определённому мастерству или местности. Если искать аналоги, то Цухникиди стоит в одном ряду с греческими фамилиями Хаджиди, Павлиди, Саввиди — все они образованы по одинаковой модели от личных имён или прозвищ.

Однозначного толкования корня нет: отсутствие письменных источников по конкретной семье не позволяет утверждать, был ли первый Цухник трубочистом или кузнецом. Но сама словообразовательная схема — прозвище + патронимический суффикс — говорит о том, что фамилия возникла не в кабинете, а в живой среде ремесленного посада или греческого квартала.