Фамилия Цурепупкин — редкий случай, когда прозвище образовано от модели «глагол в повелительном наклонении + имя». Такие фамилии встречаются нечасто и обычно указывают на конкретный бытовой сюжет. В основе лежит конструкция «цурепуп»: глагол «цуре» (искажённое «цури», от «цурить» — в некоторых говорах «смотреть, глядеть, высматривать») и имя Пуп или прозвище Пупок. Получается «Цури, Пуп!» — то есть «Смотри, Пуп!» или «Высматривай, Пупок!». Так могли окликнуть человека с заметной внешностью или того, кто постоянно оглядывался, высматривал кого-то.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Цурепупкин — «чей?» — сын или потомок того, кого звали Цурепуп. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища-команды (типа Найденов, Живин) закреплялись за потомками. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще встречается у прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Версия о тюркском или ином иноязычном корне маловероятна: звуковой ряд «цу-ре-пуп» не характерен для тюркских или финно-угорских языков, а суффикс -ин — исконно русский. Скорее всего, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей центральной России, где бытовали имена Пуп, Пупок (от «пуп» — центр, выпуклость, иногда с ироничным оттенком). Прозвище «Цурепуп» мог получить человек, который постоянно командовал или обращался к кому-то с этой фразой — например, старший в артели или просто болтливый сосед.

Географически фамилия крайне редкая, в современных справочниках и базах данных почти не встречается. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или фамилия подверглась трансформации (например, из Цурипупкин или Цурепушкин). Однокоренных фамилий практически нет, что делает Цурепупкина уникальным ономастическим курьёзом — живой иллюстрацией того, как бытовая команда превратилась в наследственное родовое имя.