Фамилия Цыгенборд — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано с немецким языком, а точнее — с прозвищем или профессией предка. В основе лежит двусоставная немецкая фамилия, которую адаптировали к русской письменности.

Первая часть, «Цыген» (нем. Ziegen), переводится как «козёл» или «козлы». Вторая часть, «борд» (нем. Bort или Bord), может означать «доска» или «борт». В немецком языке слово «Ziegenbock» обозначает козла, а «Ziegenbord» — нестандартное сложение. Скорее всего, исходная форма звучала как «Цигенборт» или «Цигенборд» и была прозвищем человека, который имел дело с козлами: пастуха, торговца козьим пухом или молоком, либо мастера, изготавливавшего доски для козьих загонов. Вторая версия — от названия повозки или саней с козлами (сиденьем для возницы), где «борд» — это борт или сиденье.

В русском языке фамилия сохранила немецкий корень без изменений, что говорит о позднем закреплении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в Россию приезжали немецкие колонисты (ремесленники, крестьяне, аптекари). Суффикс отсутствует, поэтому фамилия стоит в «чистом» виде, как и многие немецкие фамилии (например, Шмидт, Фишер). Встречается она крайне редко; в современных базах данных — единичные носители, в основном в Центральной России и на Урале, куда ссылали немецких специалистов.

Единственная альтернативная гипотеза — искусственное происхождение от аббревиатуры или искажённой фамилии при переписи, но она не подкреплена данными. Более правдоподобно, что предок носителя фамилии Цыгенборд был выходцем из немецкоязычных земель, получившим прозвище по роду занятий или внешности.