Фамилия Цыстан — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому сразу понятно: перед нами не великорусская дворянская фамилия, а скорее позднее образование, которое могло закрепиться в инородческой или смешанной среде.

Наиболее вероятная версия выводит основу из диалектного или заимствованного слова. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, есть корень «цыст» (или «чыст»), означающий «чистый», «искренний», «без примесей». Фамилия могла возникнуть как прозвище человека, известного честностью, либо как характеристика ремесла — например, того, кто занимался очисткой зерна или металла. Суффикс -ан в таких фамилиях часто выполняет роль притяжательного или уменьшительного: «Цыстан» — «принадлежащий Цысту» или «маленький Цыст». Модель образования напоминает татарские фамилии на -ан (Тухван, Сафан), которые фиксировались у крещёных татар и башкир.

Менее убедительна, но возможна связь с географическим названием. В Западной Сибири и на Урале встречаются топонимы с корнем «Цыст-» (например, речка Цыстанка в Томской области). В таком случае фамилия могла закрепиться за переселенцем, который пришёл с этих мест. Но эта версия слабее, потому что топоним сам, скорее всего, произошёл от того же прозвища.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской. В дореволюционных метрических книгах фамилия Цыстан встречается спорадически — в основном в южноуральских губерниях (Оренбургская, Уфимская) и у сибирских старожилов. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Поскольку фамилия не имеет продуктивной славянской модели, её носители — потомки людей, получивших прозвище в тюркоязычной среде, а затем русифицировавших его при переходе в православие или при записи в ревизские сказки. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Цыстáн.