Фамилия Тубутене — редкая и необычная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка связано с языками народов Севера, Сибири или Дальнего Востока, где такие созвучия встречаются в родовых и личных именах. Основа «тубут» или «тубутен» может восходить к этнониму или топониму: у коренных народов Камчатки, Чукотки или Сахалина есть схожие названия родов и стойбищ. Например, у эвенков и эвенов встречаются родовые имена с корнем «туб-», означающим «северный» или связанным с определенной территорией. Суффикс «-ене» в этой фамилии — характерный признак балтийского или финно-угорского влияния, но в данном случае он, скорее всего, пришел через русскую адаптацию местного имени: окончание «-ене» могло появиться как русификация окончания, похожего на литовское или латышское. Однако более вероятно, что перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени собственного, которое зафиксировали в документах при переписи или крещении. В русских архивах фамилия Тубутене почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в нескольких семьях на севере Красноярского края или в Якутии. По модели образования она стоит в ряду таких редких фамилий, как Тубула, Тубукин, Тубунов, но отличается характерным окончанием, которое сбивает с толку при попытке найти славянские корни. Если предки носили эту фамилию, они могли быть охотниками, оленеводами или рыбаками из малого народа, чьё имя со временем превратилось в наследственное. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что лишь подтверждает её редкость и узкую географию.