Фамилия Тубышкина — женская форма фамилии Тубышкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Тубышка. Это редкий случай, когда за основу взято слово с неочевидной этимологией, и здесь есть над чем поработать.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Тубышки). А вот корень «тубышк-» — загадка. В русских говорах слово «туба» или «тубка» встречается в разных значениях: от «труба» (диалектное искажение) до «толстяк», «коротышка» (сравните с «тубец» — бочонок, пузан). Если отталкиваться от прозвища, Тубышкой могли назвать человека плотного, коренастого телосложения, либо того, кто жил в доме с трубой (что для крестьянской избы было не так уж обязательно).

Есть и более конкретная версия, связанная с ремеслом. В псковских и тверских говорах «тубыш» — это глиняный горшок с узким горлом, кувшин. Прозвище Тубышка мог получить гончар, либо человек, торговавший такой посудой. Фамилия явно недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и географически тяготеет к северо-западным и центральным областям России — там, где гончарный промысел был распространён, а диалектное слово «тубыш» ещё помнили.

Встречается написание через «ы» (Тубышкин) — это характерно для фамилий, где основа оканчивается на твёрдый согласный, что лишний раз подтверждает исконно русское, а не заимствованное происхождение. Родственные фамилии — Тубеев, Тубин, Тубольцев — редки, что делает Тубышкиных носителями довольно уникального родового имени. Связи с тюркским «туба» (племя, род) или финно-угорскими корнями нет: суффикс -ышк- в русских прозвищах типичен именно для уменьшительно-ласкательных или пренебрежительных форм (сравните: малыш, крепыш).