Фамилия Тухенков — пример, когда исходное прозвище почти стёрлось, но модель образования и география подсказывают вероятный путь. В основе лежит корень тух-, который в русских говорах имел два основных значения: «гнить, портиться» (отсюда тухлый, тухнуть) и, что важнее для прозвища, «тихий, смирный, вялый» человек. В диалектах слово «тухлый» могло означать не только испорченный продукт, но и медлительного, безынициативного человека. Именно второе, переносное значение — самое правдоподобное для фамилии. Прямое значение «гнилой» тоже могло стать прозвищем, но скорее как ироничное, «охранительное» имя, которое давали, чтобы отвести от ребёнка настоящую порчу.

Формант -енков указывает на северо-западный и центральный регионы России. Суффикс -енк(ов) — это патронимический суффикс, характерный для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. В данном случае исходная форма — Тухенок (уменьшительное или уничижительное от Тухлый/Тухлой). Сначала прозвище Тухенок дали одному человеку, а его потомки стали Тухенковыми — то есть «сыновьями Тухенка». Такая модель особенно распространена в бывших новгородских землях и в областях, куда переселялись новгородцы (Вологодчина, Архангельский край, Вятка). Встречаемость фамилии Тухенков сегодня невысока, но она фиксируется именно в этих северных и северо-восточных областях, что подтверждает диалектное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Тухин, Тухов, Тухтаров — показывает, что корень не был редким, но везде нёс оттенок неодобрительной характеристики: «тихоня», «мешкотный». В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -енков разбираются как типичные для крестьянской и мещанской среды XVII–XIX веков. Таким образом, предки Тухенковых — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных губерний, получившие фамилию по прозвищу предка, который отличался спокойным, даже вялым нравом, или же — реже — по случайному, «защитному» имени. Спорных версий (например, связь с тюркским корнем) нет — фамилия звучит по-русски и не имеет иноязычных параллелей.