Фамилия Тухоян — редкий пример фамилии, в которой армянский суффикс -ян соединён с основой, не имеющей очевидных армянских корней. Это сразу указывает на вероятный путь её возникновения: перед нами не исконная армянская фамилия, а русифицированная или адаптированная форма, появившаяся в среде народов Кавказа или Закавказья.

Основа «Тухо» может восходить к нескольким источникам. Самая прямая версия — от тюркского слова «тух» или «туху», которое в разных диалектах означает «перо», «пух» или «волос». В таком случае прозвище Тухо мог получить человек с очень светлыми, почти белыми волосами или тот, кто занимался обработкой пуха и пера (например, набивал подушки и перины). Менее вероятно, но возможно, что основа связана с арабским «тухфа» — «подарок», «редкость». В этом случае прозвище носило бы почётный оттенок.

Суффикс -ян — типичный патронимический (указывающий на принадлежность к роду) для армянской ономастики, но в XIX–XX веках он активно распространился и среди других народов Закавказья, особенно после русификации фамилий. Таким образом, предок носителя фамилии Тухоян, скорее всего, жил в регионе, где соседствовали армянские, тюркские и кавказские языки, и получил прозвище от соседей-тюрок, а затем оно было оформлено по армянской модели.

Географически фамилия встречается в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Армении, но крайне редко. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не дал массового распространения. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется — вероятно, она окончательно закрепилась уже в советское время, когда паспортизация унифицировала написание.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Тухов, Тухин) показывает, что основа «Тух» в русской среде чаще связывалась с глаголом «тухнуть» (портиться), но для фамилии Тухоян такое объяснение маловероятно из-за иноязычного суффикса. Поэтому тюркская версия с «пером» или «пухом» остаётся основной. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилии, возникшей в крестьянской или ремесленной среде.