Фамилия Тухтаркина, вероятнее всего, восходит к мужскому варианту Тухтаркин, который образован от прозвища Тухтарка. В основе этого прозвища лежит диалектное слово «тухтар» или «тухтарь». В говорах Русского Севера и Сибири так называли глухаря — крупную лесную птицу. Прозвище Тухтарка мог получить либо охотник, промышлявший глухарей, либо человек, чем-то напоминавший эту птицу: например, глуховатый, медлительный или с пышным, нахохленным видом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Тухтаркин буквально означает «сын Тухарки» или «человек из семьи Тухаркиных». Такая модель образования фамилий характерна для северных и центральных регионов России, где прозвищные фамилии на -ин особенно распространены. Если бы основа оканчивалась на согласный, появился бы суффикс -ов, но здесь — на -а, что дало -ин.

Менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от тюркского корня «тухтар» (в значении «остановка», «предел»). В этом случае прозвище могло принадлежать человеку, который жил на границе владений или был последним в роду. Однако для фамилии Тухтаркина, учитывая её звучание и распространённость в русской среде, версия с глухарём выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, и в дореволюционных источниках она почти не встречается. Это позволяет предположить, что её носители происходили из крестьян или однодворцев южных губерний, где фамилии закрепились позже, чем в центральной России. В современном справочнике «Словарь русских фамилий» она не упоминается, что подтверждает её локальный характер.

Таким образом, предки Тухтаркиных, скорее всего, были северными охотниками или жителями глухих лесных мест, а их фамилия — прямое напоминание о промысле или внешности человека, давшего начало роду.