Фамилия Тукубаев образована от имени Тукубай, которое состоит из двух частей. Первая из них, предположительно, берет начало от древнетюркского корня «тугу» со значением «рождение, появление второго (удвоение)». Вторая часть имени Тукубай восходит к древнетюркскому нарицательному «бай» - «хозяин, богатый человек». Таким образом, именование Тукубай можно трактовать как «второй повелитель». Вероятно, родители назвали Тукубаем второго сына в семье, которому они желали добиться высокого положения в обществе и стать состоятельным человеком. Таким образом, потомок человека, которого звали Тукубай, со временем получил фамилию Тукубаев.