Фамилия Тунчанинова — женская форма, а её мужской вариант Тунчанинов. Это редкая фамилия, и её происхождение неочевидно на первый взгляд, но разбор по частям даёт ключ к разгадке.

Основа фамилии — «Тунчан». Скорее всего, это прозвище или вариант имени. Наиболее вероятная версия: фамилия образована от тюркского корня «тун» (ночь, тёмный) или «тунг» (первый, изначальный). В сочетании с аффиксом «-чан» (уменьшительно-ласкательный или принадлежащий) слово могло означать «тёмненький», «смуглый» или «ночной». В русских говорах слово «тун» также встречалось как диалектное обозначение тунеядца или лентяя (от «туне» — даром, напрасно). Однако для фамилии такая негативная трактовка менее вероятна: прозвища часто давали по внешности, а не по пороку.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Тунчанинов, то есть сын или потомок Тунчана. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. С удвоением «н» (Тунчанинов вместо Тунчанов) могла сыграть роль народная этимология: фамилию могли «подтянуть» под более привычные модели на «-инов» или под влияние слова «тунча» (в некоторых диалектах — вид рыбы или мелкая монета).

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам с сильным тюркским влиянием. Там же встречаются однокоренные фамилии Тунчаев, Тунчуков, Тунганов. В отличие от них, Тунчанинов — более поздняя по форме, скорее всего, возникла не раньше XVIII века, когда фамилии активно закреплялись у крестьян и мещан. Сословной привязки нет: носителями могли быть и вольные хлебопашцы, и однодворцы. Прямых упоминаний в словарях Веселовского или Тупикова нет, что подтверждает её позднее и локальное происхождение.