Фамилия Тунжинова — редкая и неочевидная для русского уха. Её основательнее всего разбирать через бурятские и монгольские корни, хотя географически она бытует не только в Сибири и на Дальнем Востоке, но и в центральной России, что указывает на миграции XX века. Ключ к пониманию — в основе «тунжин», которая восходит к бурятскому или монгольскому слову «түнж» (тунж) — «глухой», «глуховатый», либо к имени Тунжин, образованному от этого же корня. В бурятской антропонимике такие прозвища давали человеку с особенностью слуха, а со временем они закреплялись как родовые имена.

Суффикс «-ов-» в фамилии Тунжинова — типичный русский патронимический формант, который присоединялся к иноязычным основам при русификации. Первоначальное Тунжин (без суффикса) или Тунжинов означало «сын Тунжина», а женская форма Тунжинова закрепилась в документах как фамилия по отцу или мужу. Встречается и вариант Тунжинов, где мужская форма сохранилась без изменений, но с суффиксом -ов.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «тун» (ночь) и «жин» (душа) — «ночная душа», но это скорее народная этимология: для бурятского ареала она нетипична, а в тюркских языках подобная конструкция не зафиксирована. Также существует гипотеза, что Тунжинова — вариант фамилии Тунджинова, где корень «тундж» (персидское влияние) означает «редкий», «драгоценный», но она держится на единичных записях и слабой доказательной базе.

Самый надёжный путь — считать фамилию бурятской по происхождению, с основой от прозвища по физическому признаку. Носители фамилии Тунжинова — это потомки людей, чьих предков в XVII–XIX веках записывали в метрики и переписи уже с русским окончанием, постепенно забывая исходное значение. Социальный состав: в основном крестьяне и казаки Забайкалья, реже — бурятские роды, перешедшие на оседлость.