Фамилия Уарпенко — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а древнееврейское библейское имя Урия (Урий). В русской традиции оно встречалось в формах Уар, Урий, иногда Ур. Суффикс -енко указывает на украинское или южнорусское происхождение: так образовывали фамилии по модели «чей?» — «сын такого-то». То есть Уарпенко — это «сын Уара» или «потомок Уара».

Имя Уар (Урий) в православных святцах связано с несколькими святыми, самый известный — мученик Уар, пострадавший за веру в IV веке. В народной среде это имя было редким, но встречалось в крестьянской и мещанской среде, особенно на территориях, где церковные имена адаптировались в бытовой речи. Получается, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным человеком, получившим при рождении имя Уар, а его дети или внуки закрепили за собой отчество как фамилию.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же моделей, как Иваненко, Петренко, Гавриленко, но с нестандартной основой. Интересно, что в современных базах фамилия Уарпенко почти не встречается за пределами Украины и юга России, что подтверждает её локальный характер. Возможно, в прошлом существовали варианты написания через «о» (Уорпенко) или с утратой гласной (Урпенко), но сохранилась именно форма с «а», которая ближе к церковнославянскому произношению имени.

Версия о происхождении от тюркского или греческого корня маловероятна — ни один известный ономастический словарь не фиксирует таких параллелей. Поэтому самая надёжная гипотеза: фамилия образована от редкого календарного имени Уар через патронимический суффикс -енко, типичный для восточнославянской фамильной системы.