Фамилия Уайданова — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу обращает на себя внимание нестандартное для русских фамилий начало на «Уа-». Такая модель почти не встречается в исконно славянских фамилиях, образованных от прозвищ или крестильных имён. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из тюркских или кавказских языков, где корень «Уайд» (или «Уайда») мог иметь конкретное значение.

Вероятнее всего, основа связана с арабским именем Уайд (Уаид, Ваид) — «обещающий», «дающий обет», или с тюркским словом «уай» (в некоторых диалектах — «горе», «беда», «бедствие»). В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, пережившего тяжёлые времена, или как охранительное имя (чтобы злые силы обходили стороной). Менее вероятна связь с башкирским или татарским именем Уайда (вариант имени Уаида), которое встречается у мусульманских народов.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность к роду: Уайданова — «дочь (или жена) Уайдана». Сама форма «Уайдан» — это, по всей видимости, русифицированная версия исходного имени или прозвища. Прибавление окончания «-ан» характерно для тюркских языков (ср. Ахметжан, Давлетхан), где оно может означать «душа», «жизнь» или просто усиливать значение корня. Таким образом, полная цепочка: тюркское/арабское имя или прозвище → адаптация в русской среде через добавление «-ан» → патронимический суффикс «-ова».

Географически фамилия Уайданова наиболее вероятна в регионах с тюркским или кавказским населением: в Башкортостане, Татарстане, Чечне, Ингушетии, а также среди казахов. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков она не встречается — это говорит о её сравнительно позднем закреплении, уже в XIX–XX веках, когда многие нерусские фамилии получили стандартные русские окончания.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Уайдов, Уайдаев, Уайдин) показывает, что вариант с суффиксом «-анова» — один из самых редких. Носительница фамилии Уайданова, скорее всего, происходит из семьи, где предок носил имя или прозвище Уайд (Уайда), а сама фамилия закрепилась в форме, типичной для русскоязычной записи тюркских имён.