Фамилия Убайтаев — один из тех случаев, когда корень слова не сразу поддаётся расшифровке. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный. В данном случае основа — Убайтай. Суффикс -ев указывает на значение «сын Убайтая» или «потомок Убайтая», что типично для фамилий, возникших в русской среде из тюркских имён и прозвищ.

Самая вероятная версия происхождения корня — тюркское личное имя Убайтай. В его основе лежит арабское имя Убайда (уменьшительная форма от Абд — «раб», в контексте «раб Аллаха»). Тюркский суффикс -тай/-дей был распространён в именах и прозвищах (сравните: Каратай, Алтай, Кудайберген). Таким образом, Убайтай — это «маленький Убайда» или «Убайда с уменьшительно-ласкательным оттенком», что характерно для имён, дававшихся детям в семьях, исповедовавших ислам.

Географически фамилия Убайтаев тяготеет к регионам Северного Кавказа, особенно к Чечне и Ингушетии, а также встречается среди народов Дагестана. В этих местах арабские имена проходили через местные фонетические фильтры, и имя Убайда легко превращалось в Убайтай. Русская фамилия закрепилась в XIX — начале XX века, когда горцам начали массово присваивать фамилии по отцу (патронимы) с русскими окончаниями.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит тюркское слово «убай» — в некоторых диалектах так называли старшего брата или дядю. Тогда Убайтай — «тот, кто похож на старшего брата» или «сын старшего брата». Однако арабская версия поддерживается большим количеством параллельных фамилий (Убайдов, Убайдуллаев, Убайдулин), что делает её основной.

Фамилия не имеет отношения к сословной принадлежности: её носителями могли быть и крестьяне, и уздени (свободные горцы), и представители духовенства. Какого-то единого «гнезда» предков не прослеживается — фамилия рассредоточена по нескольким аулам и тейпам, что указывает на её происхождение от разных людей, носивших одно и то же имя.