Фамилия Убиссе — редчайший случай для русского ономастикона. Она не вписывается в привычные словообразовательные модели на -ов, -ин или -ский, и её носители в России, скорее всего, связаны с дворянскими родами, имевшими западноевропейские корни. В первую очередь, это фамилия французского происхождения, и её написание на кириллице — результат транслитерации.

Разбирать фамилию по частям как исконно русскую бессмысленно. Её основа — французская фамилия Ubis(s)é или Ubissey. Наиболее вероятная версия связывает её с топонимом Ubissey — так называется коммуна во французском департаменте Кот-д’Ор в Бургундии. Значит, предок носителя фамилии получил прозвище или фамилию по месту жительства: «тот, кто из Убиссе». Такая модель образования характерна для французского дворянства, которое часто брало фамилии по названиям своих поместий.

В России фамилия Убиссе могла появиться вместе с французскими эмигрантами после Великой французской революции или в наполеоновскую эпоху. Известно, что некоторые французы оставались в России и после войны 1812 года, поступая на службу или становясь гувернёрами. В дореволюционных справочниках можно встретить упоминания о дворянском роде Убиссе, внесённом в родословные книги некоторых губерний. Например, есть сведения о поручике Убиссе, служившем в русской армии в начале XIX века.

В отличие от массовых русских фамилий, Убиссе не имеет «народной» этимологии — её не объяснить через прозвище, ремесло или крестильное имя. Это фамилия-указатель на географическое происхождение, что роднит её с русскими фамилиями вроде Московский или Тверской, но с той разницей, что «адрес» находится за сотни километров от России. Из-за редкости и необычного звучания фамилия часто привлекала внимание литераторов — её можно встретить в мемуарной литературе XIX века как пример «французского следа» в русском быту.

Сегодня фамилия Убиссе в России практически исчезла или сохранилась в единичных семьях, чаще всего в среде потомков обрусевших дворян. Поиск её носителей — задача для генеалога, работающего с архивами французской эмиграции.