Фамилия Убукулов — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в родовое имя. Её основа — топоним Убукун, обозначающий местность в Бурятии. Речь о долине реки Убукун (приток Селенги) и одноимённом селе в Селенгинском районе. Таким образом, предок носителя фамилии был выходцем из этих мест, и прозвище «Убукул» (житель Убукуна) закрепилось за ним как фамильное имя.

Модель образования здесь нестандартная. Обычно бурятские фамилии образуются через суффикс -ов/-ев от личных имён или прозвищ (Баторов, Цыренов). В фамилии Убукулов основа не имя, а название урочища, а суффикс -ов — уже русский, принесённый в бурятскую среду вместе с документами и метриками. Редкость в том, что промежуточная форма на -ул (Убукул) сохранила местный говорной вариант: «убукун» в тюрко-монгольских языках означает «низкий, приземистый» или «холм», а жителя такого места могли называть убукул — «тот, кто с низкого места».

Версия о происхождении напрямую от монгольского слова «убукун» (низкий, невысокий) как личного прозвища менее вероятна. Если бы прозвище дали по росту, фамилия скорее звучала бы как Убукунов (от прямой основы). Форма Убукулов явно указывает на промежуточный этап: сначала было прозвание по местности, а уж потом фамилия.

Социальный контекст фамилии — типичная история бурятского крестьянства и казачества XIX века. В Забайкалье многие буряты несли казачью службу и получали фамилии по месту приписки. Убукуловы, скорее всего, относились к селенгинским бурятам, которые занимались скотоводством и земледелием в долине Убукуна. Других версий — от тюркского «убук» (потомок) или калмыцкого «убукн» (спокойный) — словари не поддерживают, это уже народная этимология без лингвистической основы.