Фамилия Укпуп — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В русском языке нет ни основы «укп-», ни суффикса «-уп», поэтому классический разбор по модели «прозвище + -ов/-ев» здесь не работает. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в результате адаптации иноязычного имени или географического названия.

Вероятнее всего, Укпуп — это русифицированная форма фамилии из языков тюркской или, возможно, финно-угорской группы. В тюркских языках основа «ук» может означать «стрела», «род» или «племя», а «пуп» (или «буп») — искажённое «бей» (господин, князь) или «бай» (богатый, хозяин). Таким образом, исходное прозвище могло означать «стрела господина» или «род богатого». Встречается также версия, что фамилия восходит к названию поселения Укпуп (гипотетически — в Поволжье или Приуралье), откуда предок мог переселиться.

Другая, менее правдоподобная гипотеза — искусственное происхождение. В XIX веке семинаристы иногда образовывали фамилии от случайных слов или аббревиатур. Однако для Укпуп нет ни одного подтверждения в духовных ведомостях, а структура слова нехарактерна для семинарских новообразований (обычно они были на -ский или -ин).

С точки зрения географии, носители фамилии Укпуп в России единичны и, как правило, сосредоточены в регионах с исторически смешанным населением — например, в Башкортостане или Оренбургской области. Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, но и не указывает на крепостное происхождение — скорее, на свободных переселенцев или казаков.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно отметить разве что схожие по звучанию Укшев или Уклеин, но они образованы от других основ. Укпуп остаётся уникальным случаем, где этимология восстанавливается только через гипотезы — и самая обоснованная из них связывает фамилию с тюркским прозвищем, которое в ходе русификации потеряло исходный смысл.