Фамилия Унекн — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает произношение и происхождение. Скорее всего, перед нами пример сильного искажения при записи: исконная форма могла звучать как Унекин или Унехин, а конечное «н» появилось из-за утраты гласной в суффиксе. Если это так, то в основе лежит прозвище или некалендарное имя Унека (или Унеха), которое, в свою очередь, восходит к древнерусскому глаголу «унекать» — избегать, уклоняться, хитрить. Человек с таким прозвищем мог слыть увёртливым, осторожным или нелюдимым.

Модель образования типична для русских фамилий на -ин: от основы на -а/-я (Унека → Унекин). Однако в случае Унекн произошла редукция: суффикс -ин «съела» конечная буква, и фамилия застыла в усечённом виде. Подобные случаи встречаются в северных говорах и в документах XVII–XVIII веков, где писцы записывали фамилии на слух, не заботясь о полноте окончания.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского или финно-угорского личного имени, которое при адаптации в русской среде потеряло гласные. Например, в коми-пермяцком языке есть имя Унь (медведь), но в таком случае фамилия скорее имела бы форму Унев или Унегов. Склонение фамилии Унекн как мужской — нулевое (он Унекн, у Унекн), что тоже говорит о её поздней фиксации и утрате привычных падежных окончаний.

Географически фамилия привязана к регионам, где в XIX веке активно шло смешение русского и местного населения — например, к Вятской или Пермской губерниям. Там нередко встречались фамилии, записанные «как слышали», без оглядки на грамматику. Носители Унекн, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми, а само прозвище — бытовым, не связанным с ремеслом или сословным статусом.