Фамилия Унерке — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское или, с меньшей вероятностью, финно-угорское. Если отбросить маловероятные версии случайного созвучия, остаётся одно правдоподобное объяснение: основа «унер» восходит к тюркскому корню со значением «умелый», «искусный» или «мастер». В татарском, башкирском и казахском языках есть слово «өнер» (önär) — ремесло, искусство, мастерство. Соответственно, Унерке — это уменьшительно-ласкательная или прозвищная форма от «Унер», то есть «мастеровой», «умелец». Фамилия могла закрепиться за человеком, который славился как хороший ремесленник, или же за его потомком.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс «-е» на конце — не типичный русский патронимический суффикс (-ов, -ин, -ский). Скорее всего, перед нами русифицированная запись тюркского имени или прозвища, где конечный гласный был адаптирован к русской грамматике. В тюркских языках «Унерке» могло бы звучать как «Үнерке» или «Өнерке» — с тем же значением «маленький мастер» или «сын мастера». Финал «-ке» — распространённый тюркский уменьшительный аффикс, который в русской среде просто переписали без изменений, не переделывая в «-кин» или «-ков». Это делает фамилию ярким маркером межэтнического контакта: носитель, скорее всего, происходил из татарской, башкирской или казахской среды, но фамилию зафиксировали в русских документах «как слышали».

Географически фамилия Унерке встречается крайне редко. Основные следы ведут в Поволжье и Приуралье — регионы, где веками рядом жили русские и тюркские народы. Встречается она и у крымских татар, но там форма могла бы быть «Унерке» или «Онерке». Носители фамилии, вероятно, были выходцами из крестьянского или ремесленного сословия — никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Есть и другая, более слабая версия: связь с финно-угорскими языками, где «uneri» могло бы означать что-то вроде «сонный» или «мечтательный». Но эта гипотеза не подкреплена ни частотностью, ни ареалом распространения — фамилия не встречается в Карелии, Мордовии или Удмуртии. Поэтому тюркское происхождение остаётся основным и наиболее логичным.