Фамилия Унижонная — редкий случай в русской ономастике, где основа вызывает скорее вопрос, чем догадку. На первый взгляд она кажется связанной с глаголом «унижать», но это ложный след. Прямое значение «униженный» для фамилии маловероятно: прозвища с таким негативным смыслом не закреплялись в качестве родовых имён. Скорее всего, перед нами результат диалектного или искажённого написания.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -н-, типичный для притяжательных прилагательных, и окончание -ая, характерное для женского рода в полных формах. В русской традиции фамилии на -ой/-ая (типа Толстой, Благой) могли указывать на качество или прозвище. Однако в данном случае основа «Унижон-» скорее всего восходит к варианту имени Онисим (от греч. «полезный»), которое в народной речи звучало как Унисим, Унижон. В говорах «ж» могло заменять «с» (ср. «унижать» и «унизить» — разные корни, но в диалектах путаница возможна). Таким образом, Унижонная — это «принадлежащая Унижону», то есть потомку человека по имени Унижон (производное от Онисима).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где аканье и замена глухих на звонкие (с → ж) встречаются чаще. В документах XVII–XVIII веков можно встретить формы Унижонов, Униженко, что подтверждает связь с крестьянской или казачьей средой. Сословно это, скорее всего, бывшая крепостная фамилия: в дворянской среде такие «бытовые» прозвища на -ой не приживались.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от слова «унижонный» в значении «утихомиренный, смиренный» (диалектное «унижать» — успокаивать). Но она не подкреплена источниками. Поэтому основная гипотеза — через имя Онисим → Унижон. Фамилия уникальна тем, что сохранила народную фонетику, которую письменная норма отбросила.