Фамилия Уноткин — редкий случай, когда корень ясен, а происхождение не сразу очевидно. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Уноткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Унотка.

Сама основа — слово «унотка». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли утёнка, маленькую утку. Уменьшительно-ласкательная форма от «утка» с приставкой «у-» (ср. утица, утёнок) закрепилась за птенцом. Таким образом, прозвище Унотка мог получить человек за внешнее сходство с этой птицей — например, за невысокий рост, сутулость или манеру ходить вразвалку. Но есть и другая, более прозаичная версия: в крестьянском быту прозвища часто давались по профессии или занятию. Уноткой могли называть того, кто разводил уток, пас их или торговал ими на рынке.

Версия о связи с глаголом «унуть» (устаревшее «воткнуть, вставить») маловероятна: от него образовались бы формы вроде Уткин, Уткнищев, а не Уноткин. Фамилия Уноткин — почти исключительно русская, сконцентрированная в Вятской губернии и прилегающих районах Урала. В XIX веке она встречалась в метрических книгах Глазовского и Сарапульского уездов, что подтверждает её севернорусское происхождение. Встречается она и сегодня, но остаётся малочисленной.

С точки зрения словообразования, Уноткин стоит в одном ряду с фамилиями Гусев, Лебедев, Воробьёв — все они образованы от названий птиц. Но если Гусев и Лебедев — «благородные» птицы, то унотка — деревенская, домашняя, что намекает на простое, крестьянское происхождение первых носителей.