Фамилия Упахожаева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать её по составу, но делать это стоит осторожно: фамилия явно нерусская по основе, хотя и оформлена по русской словообразовательной модели.

В центре фамилии — основа Упахожа. Скорее всего, это вариант фамилии Упахожаев (женская форма — Упахожаева). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Упахожаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Упахожа. Сама же основа Упахожа почти наверняка тюркского происхождения. В тюркских языках (особенно в карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) распространены личные имена и прозвища, начинающиеся на «Упа-». Например, Упай, Упаш. Вторая часть — «хожа» — это хорошо известный тюркский элемент ходжа (от персидского خواجه — «господин», «хозяин», «наставник»). В исламской традиции ходжа — почётный титул, часто обозначающий потомка пророка или уважаемого учителя.

Таким образом, Упахожа — это составное имя или прозвище, которое можно перевести как «господин Упа» или «Упа-ходжа». Первая часть «Упа» могла быть личным именем, сокращением от более длинного имени (например, Умар-паша → Упа) или диалектным вариантом. Встречаются и другие фамилии с тем же корнем: Упаев, Упаков, Упатов, но Упахожаев стоит особняком из-за редкого сочетания с «хожа».

Географически фамилия Упахожаева тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Дагестану и Чечне, где тюркские и арабо-тюркские составные имена были распространены среди духовенства и знати. Встречается она и у карачаевцев с балкарцами. В русских переписях XVII–XIX веков такая фамилия не фиксируется — это говорит о её относительно позднем оформлении (скорее всего, в XIX — начале XX века, когда горцам массово давали фамилии по отцу).

Спорных версий здесь немного: пытаться вывести Упахожа из славянских корней (например, от «упахать» или «упасть») лингвистически несостоятельно — суффикс -ожа не характерен для русских прозвищ, а сочетание с -ев при таком глаголе дало бы форму Упахаев. Так что тюркская версия — единственная убедительная.

По сословной принадлежности предки Упахожаевых, вероятно, относились к духовенству или зажиточным крестьянам, носившим почётное прозвище. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — носителей можно пересчитать по пальцам, что делает её ценной для локальной генеалогии.