Фамилия Упкуы настолько редкая, что её происхождение приходится реконструировать по обрывкам лингвистических данных. Скорее всего, перед нами фамилия нерусского корня, причём не из привычных тюркских или финно-угорских языков. Набор звуков «упк» — крайне нетипичный для славянской фонетики, где сочетание глухих взрывных «п» и «к» подряд встречается редко. Скорее всего, основа восходит к языкам народов Кавказа или, возможно, к палеоазиатским языкам Дальнего Востока.

Вероятнее всего, фамилия образована от этнонима или топонима. Например, в адыгских (черкесских) языках существует корень «упк» или «упц», который может означать «белый», «светлый» или быть частью названия местности. В таком случае Упкуы — это русифицированная запись адыгского родового имени, где конечное «-ы» — это русский суффикс фамилий (аналог «-ов»), добавленный к местному корню. Модель образования простая: основа + суффикс -ы (фонетический вариант -ов после твёрдого согласного). Если бы фамилия была исконно русской, она выглядела бы как Упков или Упкин.

Вторая, менее вероятная версия — связь с чукотско-камчатскими языками. Слово «упку» в некоторых диалектах чукчей означает «камень» или «скала». Тогда фамилия могла возникнуть как прозвище человека, жившего у скалы, или как часть сложного имени. Но такая миграция фамилии в русский ономастикон маловероятна без промежуточного звена, например, через фамилии русских старожилов Сибири.

Географически фамилия Упкуы должна быть привязана либо к Северному Кавказу (Адыгея, Кабардино-Балкария), либо к Чукотке или Камчатке. В любом случае, это не крестьянская фамилия из центральной России, а след межэтнических контактов, записанный русскими писцами на слух. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от горского князя до камчатского охотника, но почти наверняка они не были русскими по происхождению.