Фамилия Уппер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение, скорее всего, не славянское, а западноевропейское. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, окончание -ер указывает на иную словообразовательную модель. С высокой вероятностью, это немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия, записанная кириллицей. В немецком языке фамилия Upper могла образоваться от слова «oben» (верх) или от географического названия с корнем «ober-» (верхний), обозначая человека, жившего в верхней части поселения или на возвышенности. Другая версия — профессиональная: от «Upper» как вариант написания «Ufer» (берег), то есть «живущий у берега», или от «Upp» — диалектного слова, связанного с болотистой местностью.

В еврейской среде фамилия Уппер (Uper, Upper) могла быть искусственной или топонимической, образованной от названия местечка с похожим корнем. В Российской империи такие фамилии фиксировались в черте оседлости, особенно в западных губерниях. Суффикс -ер типичен для немецких и идишских фамилий, обозначающих профессию или место жительства.

Что важно: фамилия почти не встречается в исконно русских крестьянских или дворянских списках. Это говорит о том, что её носители, вероятно, были выходцами из немецких колонистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках, или из еврейских семей, получивших фамилии после реформы 1804 года. В любом случае, русский суффикс принадлежности здесь не появился — фамилию перенесли в русский язык в готовом виде, без адаптации.

Поэтому, если вы ищете корни, стоит смотреть не в русские писцовые книги, а в метрические книги лютеранских приходов или в документы по истории еврейских общин Волыни, Подолии или Прибалтики. Фамилия Уппер — это не переосмысленное прозвище, а прямой привозной маркер, который почти не изменился за столетия.